IMDEA Nanociencia es una fundación privada sin ánimo de lucro creada por iniciativa del Gobierno de la Comunidad de Madrid en noviembre de 2006, con el objetivo de acortar la distancia entre la investigación y la sociedad en la Comunidad de Madrid y proporcionar nueva capacidad para la investigación, el desarrollo tecnológico y la innovación en el campo de la nanociencia, la nanotecnología y el diseño molecular.
En 2007, el antiguo Ministerio de Educación y Ciencia del Gobierno de España decidió financiar también parte de la creación y equipamiento de un instituto de nanociencia en la Comunidad Autónoma de Madrid. La Fundación está gobernada por un Patronato, que cuenta con representantes de la administración nacional y regional, las instituciones académicas (UCM, UAM y Politécnica, CSIC), la industria, miembros del Consejo Asesor Científico y expertos en las implicaciones sociales de la nanociencia y la transferencia de tecnología.
La Fundación rige el Instituto IMDEA Nanociencia, un nuevo centro de investigación interdisciplinario dedicado a la exploración de la nanociencia básica y al desarrollo de aplicaciones de la nanotecnología en relación con industrias innovadoras. El Instituto IMDEA Nanociencia forma parte de una de las líneas estratégicas del Campus de Excelencia Internacional (CEI) UAM+CSIC.